Dopo le fasi di stoccaggio e lavorazione, i rifiuti in deposito vengono inviati allo smaltimento definitivo.
Questo avviene una volta ottenuto un quantitativo di materiale che, per composizione e quantità, possa essere inviato all'impianto di smaltimento definitivo precedentemente individuato. In pratica, dall'impianto escono in prevalenza macropartite di rifiuto ottenute dalle fasi di gestione interna sulle partite in ingresso.
Le partite in uscita vengono smaltite conformemente ai contratti in essere con gli impianti di destinazione, ad esempio: depuratori (per rifiuti liquidi), inceneritori (per rifiuti sia solidi che liquidi), discariche (rifiuti solidi), distillazione (solventi) o altri impianti di recupero (materiali vari individuati dalla normativa vigente, generalmente solidi, come ad esempio terreni da scavo o fanghi di depurazione acque).
Nel corso degli ultimi tre anni è stato attuato un programma di collaborazione con oltre 40 impianti di destinazione finale in tutta Italia al fine di ottenere la più ampia disponibilità e di garanzia di offerta delle principali tipologie di rifiuto prodotte. Inoltre si è in grado di offrire soluzioni ottimali per la gestione di quantità di rifiuti da destinare agli impianti esteri convenzionati con Ecologica Marche, fornendo tutta l'assistenza tecnico-commerciale per garantire la continuità di servizio anche nei confronti delle aziende industriali di grandi dimensioni.
Una particolare attenzione crescente negli ultimi anni, è stata quella di dare preferenza ad avviare i rifiuti ad operazioni di recupero, in particolare per quanto concerne liquidi (solventi e similari) e rifiuti valorizzabili (metallo, plastica, RAEE).